Description
We provide occurrence data of black flies (Diptera: Simuliidae) from Indonesia, Malaysia, Thailand, and Vietnam with corresponding DNA derived data. The black flies were collected by Tropical Infectious Diseases Research and Education Centre (TIDREC), Universiti Malaya, Malaysia, except black flies from Thailand. DNA barcodes based on mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene generated from the black fly samples are used to establish a database in GBIF. This project (BIFA6_017) is funded by the GBIF-BIFA program.
Enregistrements de données
Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 284 enregistrements.
Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.
Versions
Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.
Comment citer
Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:
Low V L, Ya'cob Z, Putt Q Y, Izwan-Anas N, Hew Y X (2023). Black Flies (Diptera: Simuliidae) of South East Asia. Version 1.10. Tropical Infectious Diseases Research and Education Centre (TIDREC), Universiti Malaya. Occurrence dataset. https://cloud.gbif.org/asia/resource?r=black_flies_of_indonesia_malaysia_and_vietnam&v=1.10
Droits
Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:
L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est Tropical Infectious Diseases Research and Education Centre (TIDREC), Universiti Malaya. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.
Enregistrement GBIF
Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : c80987f7-f87a-4ae3-a2cc-ccd59bc951e8. Tropical Infectious Diseases Research and Education Centre (TIDREC), Universiti Malaya publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du Participant Node Managers Committee.
Mots-clé
Occurrence; Simuliidae; Black Flies; Indonesia; Malaysia; Thailand; Vietnam; COI
Contacts
- Créateur ●
- Personne De Contact
- Principal Investigator
- Level 2, High Impact Research (HIR) Building, Universiti Malaya
- Personne De Contact
- Co-Principal Investigator
- Level 2, High Impact Research (HIR) Building, Universiti Malaya
- Fournisseur Des Métadonnées ●
- Créateur ●
- Personne De Contact
- Graduate Student
- Level 2, High Impact Research (HIR) Building, Universiti Malaya
- Fournisseur Des Métadonnées ●
- Créateur ●
- Personne De Contact
- Graduate Student
- Level 2, High Impact Research (HIR) Building, Universiti Malaya
- Fournisseur Des Métadonnées ●
- Créateur ●
- Personne De Contact
- Graduate Student
- Level 2, High Impact Research (HIR) Building, Universiti Malaya
- Personne De Contact
- Co Principal Investigator
- Level 2, High Impact Research (HIR) Building, Universiti Malaya
Couverture géographique
The black fly samples were collected from different localities in Indonesia, Malaysia, Thailand and Vietnam.
| Enveloppe géographique | Sud Ouest [-10,401, 94,746], Nord Est [23,08, 141,592] |
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Couverture temporelle
| Date de début / Date de fin | 2010-12-29 / 2021-06-01 |
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Données sur le projet
This project will digitize black flies from Southeast Asia and seek to address taxonomic issues via DNA barcoding and metabarcoding approaches, providing a way forward for establishing a DNA barcode library for the family Simuliidae and long-term improvements and additions to black fly information in Southeast Asia.
| Titre | DNA barcoding and taxonomic classification of black flies in Southeast Asia |
|---|---|
| Identifiant | BIFA6_017 |
| Financement | Funded by Ministry of the Environment, Government of Japan; Co-funded by TIDREC, Universiti Malaya, Malaysia |
| Description du domaine d'étude / de recherche | Black flies collected from the Oriental Region (particularly Southeast Asia) belong to the genus Simulium. |
Les personnes impliquées dans le projet:
- Chercheur Principal
- Chercheur Principal
- Publicateur
- Publicateur
- Publicateur
Méthodes d'échantillonnage
Black fly samples collection was done at the accessible streams and rivers, whereby these are the breeding habitats for larvae and pupae of black flies. Pupae that attached on substrates such as leaves, stems, twigs, grasses and roots were collected using forceps. Then it will be kept alive individually in vials until adult emergence before being preserved in 80% ethanol for the identification process. The methods of collection and identification followed those of Takaoka (2003) and Adler et al. (2004).
| Etendue de l'étude | All black fly samples were collected from flowing streams. |
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Description des étapes de la méthode:
- The study procedures are as follows: sample collection, sample identification, sample DNA extraction, PCR.
Données de collection
| Nom de la collection | Institute of Biological Sciences (ISB), Faculty of Science, Universiti Malaya, Malaysia |
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| Nom de la collection | Black Fly Gallery, TIDREC, Universiti Malaya, Malaysia |
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| Méthode de conservation des spécimens | Alcohol |
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Métadonnées additionnelles
Black fly samples, except from Thailand, of this dataset are deposited in the laboratories of Institute of Biological Sciences and TIDREC, Universiti Malaya, Malaysia. Upon collection from study sites in Indonesia, Malaysia, and Vietnam, the black fly samples were indexed in the format of "Nation_Locality_Stream_# where collection occured_Vial_# where the sample from respective stream kept". For instance, the black fly sample from the first vial of stream 1, Lombok, Indonesia would be indexed as "IN_LB_S1V1". The black fly samples collected are individually preserved in 80% ETOH in a 2.0 mL tube and stored at -20 degree Celsius.
| Identifiants alternatifs | c80987f7-f87a-4ae3-a2cc-ccd59bc951e8 |
|---|---|
| https://cloud.gbif.org/asia/resource?r=black_flies_of_indonesia_malaysia_and_vietnam |