Plantas Vasculares del Uruguay (Observaciones Fagúndez-Pachón)

Latest version published by Biodiversidata on Jul 14, 2020 Biodiversidata

Este conjunto de datos contiene registros primarios de especies de plantas vasculares documentadas por César Fagúndez-Pachón. Incluye 383 observaciones de 208 especies, realizadas en 2003 y entre 2016 y 2019, en 12 localidades del Uruguay. Estos datos forman parte de la base de datos de plantas vasculares de Biodiversidata, el Consorcio de Datos de Biodiversidad del Uruguay.

Data Records

The data in this occurrence resource has been published as a Darwin Core Archive (DwC-A), which is a standardized format for sharing biodiversity data as a set of one or more data tables. The core data table contains 383 records.

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How to cite

Researchers should cite this work as follows:

Fagúndez-Pachón C, Grattarola F (2020): Plantas Vasculares del Uruguay (Observaciones Fagúndez-Pachón). v1.2. Biodiversidata. Dataset/Occurrence. https://cloud.gbif.org/lac/resource?r=plantas_cesarfagundez&v=1.2

Rights

Researchers should respect the following rights statement:

The publisher and rights holder of this work is Biodiversidata. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

GBIF Registration

This resource has been registered with GBIF, and assigned the following GBIF UUID: 90a5be66-f51f-4a7e-9ffe-3137c7d3e0c3.  Biodiversidata publishes this resource, and is itself registered in GBIF as a data publisher endorsed by GBIF Uruguay.

Keywords

Occurrence; Observation; Uruguay; Vascular Plants; Pampean province

Contacts

Who created the resource:

César Fagúndez-Pachón
Profesor Asistente
Centro Universitario Regional del Este (CURE), Universidad de la República Rocha Rocha UY
Florencia Grattarola

Who can answer questions about the resource:

Florencia Grattarola
César Fagúndez-Pachón
Profesor Asistente
Centro Universitario Regional del Este (CURE), Universidad de la República Rocha Rocha UY

Who filled in the metadata:

Florencia Grattarola

Who else was associated with the resource:

Content Provider
César Fagúndez-Pachón
Asistente
Centro Universitario Regional del Este (CURE), Universidad de la República Rocha Rocha UY
Originator
César Fagúndez-Pachón
Asistente
Centro Universitario Regional del Este (CURE), Universidad de la República Rocha Rocha UY
Custodian Steward
Florencia Grattarola
Distributor
Florencia Grattarola

Geographic Coverage

La cobertura geográfica incluye 12 sitios en los departamentos de Rocha, San José, Durazno y Río Negro, en Uruguay

Bounding Coordinates South West [-34.673, -58.045], North East [-32.853, -53.762]

Taxonomic Coverage

Se registraron un total de 208 especies de plantas vasculares (187 nativas), 74 familias y 189 géneros.

Phylum  Tracheophyta (Plantas Vasculares)
Class  Magnoliopsida,  Liliopsida,  Gnetopsida,  Lycopodiopsida,  Polypodiopsida

Temporal Coverage

Start Date / End Date 2003-01-01 / 2019-01-01

Project Data

Biodiversidata, el Consorcio de Datos de Biodiversidad del Uruguay (https://biodiversidata.org/) tiene como objetivo reunir una base de datos primarios en constante crecimiento de la diversidad de especies del Uruguay y ponerla a disposición de manera abierta y accesible. En una primera etapa el trabajo se orientó a los datos de vertebrados (Grattarola et al. 2019). La segunda etapa de este proyecto está enfocada en la recolección de datos de plantas vasculares. Estos datos se publicarán en un data paper y posteriormente serán utilizados para responder una serie de preguntas científicas relativas a los patrones de distribución de las plantas en Uruguay. Las principales preguntas de investigación que estamos abordando son: i) ¿Dónde se encuentran los hotspots de biodiversidad en Uruguay? A nivel general y en los principales grupos de biodiversidad; ii) ¿Puede esta evidencia ser útil para redirigir las estrategias de conservación actuales?

Title Biodiversidata: Diversidad de especies de plantas vasculares en Uruguay
Identifier Biodiversidata_Plants
Funding El proyecto Biodiversidata es coordinado por Florencia Grattarola con una beca de doctorado de la Agencia Nacional de Investigación e Innovación (ANII) – Grant POS_EXT_2016_1_136663.
Study Area Description Abarca registros de presencia de especies en todo el territorio nacional.
Design Description Los datos de observaciones proporcionados por las/os integrantes de Biodiversidata fueron estandarizados e integrados a la base de datos del grupo de las plantas vasculares de Biodiversidata. El producto final consiste en una base de datos que incluye además datos extraídos de bibliografía y datos obtenidos a partir de bases de datos online. La base de datos general contiene tanto registros realizados durante el monitoreo de grupos específicos como registros de eventos de muestreo no sistemáticos. Los registros consisten principalmente en observaciones humanas y en algunos casos se colectaron especímenes que están preservados en colecciones de Uruguay.

The personnel involved in the project:

Point Of Contact
Florencia Grattarola

Sampling Methods

El conjunto de datos reúne observaciones hechas en muestreos sistemáticos y no sistemáticos por César Fagúndez-Pachón.

Study Extent 12 sitios distribuidos en los departamentos de Rocha, San José, Durazno y Río Negro en Uruguay, en 2003 y 2019en el período entre 2016 y 2019.
Quality Control Se chequearon errores en los nombres científicos, localización geográfica y fechas de muestreo. Se agregaron datos sobre la autoría de los nombres científicos y se completaron los rangos taxonómicos desde Reino hasta el rango infraespecífico, se incluyó el término ‘taxonRank’ con información sobre el nivel de detalle de cada taxón. Se asignó a cada registro el nivel administrativo de Departamento y se incorporaron datos sobre la incertidumbre y precisión de la localización geográfica. El código de R utilizado para la limpieza de datos está disponible en nuestro repositorio de GitHub (https://github.com/bienflorencia/rBiodiversidata).

Method step description:

  1. Verificación de errores ortográficos de nombres científicos usando los paquetes de R 'taxize' (Chamberlain et al. 2020) y 'WorldFlora' (Kindt 2020). Para verificar los nombres primero contrastamos la lista de especies con la referencia taxonómica de World Flora Online (WFO) (http://www.worldfloraonline.org/), si la especie o su sinónimo sugeridos por WFO fuera aceptado según Zuloaga et al. (2019) en Darwinion (http://www.darwin.edu.ar), conservamos el nombre y el ‘taxonID’ de WFO, de lo contrario, utilizamos el nombre de Darwinion y buscamos una ‘taxonID’ en Tropicos (https://www.tropicos.org/). El nombre original de la especie se mantuvo bajo el término ‘previousIdentifications’. La lista final de nombres científicos fue verificada por los expertos en plantas de Biodiversidata.
  2. Determinación de rangos taxonómicos superiores (Reino, Filo, Clase, Orden, Familia y Género), inclusión del término de rango infraespecífico y la autoridad taxonómica para los nombres científicos.
  3. Incorporación del término ‘establishmentMeans’ categorizando a las especies en nativas o introducidas según Andrade et al. (2018).
  4. Verificación de valores atípicos o inexactos en la localización geográfica. Incorporación de los campos de incertidumbre y precisión para los valores de latitud y longitud proporcionados.
  5. Estandarización del estado/provincia geográfica a través de la base de datos del GeoNames Gazetteer utilizando el paquete R 'geonames' (Rowlingson 2019). Inclusión de términos estándares para los rangos geográficos más altos que el nivel de localidad (continente y país).

Bibliographic Citations

  1. Andrade BO, Marchesi E, Burkart S, Setubal RB, Lezama F, Perelman S, Schneider AA, Trevisan R, Overbeck GE, Boldrini II (2018) Vascular plant species richness and distribution in the Río de la Plata grasslands. Botanical Journal of the Linnean Society 188: 6. https://doi.org/10.1093/botlinnean/boy063
  2. Chamberlain S, Szoecs E, Foster Z, Arendsee Z, Boettiger C, Ram K, Bartomeus I, Baumgartner J, O'Donnell J, Oksanen J, Tzovaras BG, Marchand P, Tran V, Salmon M, Li G, Grenié M (2020) taxize: Taxonomic information from around the web. R package version 0.9.92. https://cran.r-project.org/web/packages/taxize
  3. Fagúndez C (2003) La vegetación de un blanqueal en el litoral oeste del Uruguay: efectos de la hormiga Atta vollenweideri Forel. Trabajo final de Licenciatura en ciencias biológicas, opción Botánica. Facultad de Ciencias, UdelaR, Montevideo-Uruguay. 28pp. http://www.guayubira.org.uy/monte/bibliografia/FagundezBlanqueal.pdf
  4. Grattarola F, Botto G, da Rosa I, Gobel N, González EM, González J, Hernández D, Laufer G, Maneyro R, Martínez-Lanfranco JA, Naya DE, Rodales AL, Ziegler L, Pincheira-Donoso D (2019) Biodiversidata: An Open-Access Biodiversity Database for Uruguay. Biodiversity Data Journal 7. https://doi.org/10.3897/BDJ.7.e36226
  5. Kindt R (2020) WorldFlora: An R package for exact and fuzzy matching of plant names against the World Flora Online Taxonomic Backbone data. bioRxiv. https://doi.org/10.1101/2020.02.02.930719
  6. Rowlingson B (2019) Interface to the "Geonames" Spatial Query Web Service. R package version 0.999. https://cran.r-project.org/web/packages/geonames/
  7. Zuloaga FO, Belgrano MJ, Zanotti CA (2019) Actualización del Catálogo de las Plantas Vasculares del Cono Sur. Darwiniana, nueva serie 7: 70. https://doi.org/10.14522/darwiniana.2019.72.861

Additional Metadata

Alternative Identifiers 90a5be66-f51f-4a7e-9ffe-3137c7d3e0c3
https://cloud.gbif.org/lac/resource?r=plantas_cesarfagundez